它们的区别是：
1、税率不同。
2、一个有进项抵扣，一个无进项抵扣。
小规摸企业没有进项抵扣，商业是按收入的4%全额征收税收，工业企是按收入的6%全额征收税收；而一般纳税企业有进项抵扣，它是按增值部份的17%征收税收。所以要根企业的情况来索取普通发票和增值税发票。